大玄沿袭前朝传统，中枢设置政务院，设首相一位，宰相若干位，世人都称之为某相、某中堂。
设六部（吏、户、礼、兵、刑、工），各部长官（管部的大学士及尚书、侍郎等）称堂官，部下属各司的郎中、员外郎、主事以及主事以下的七品小京官称为司官。
在六部之外和六部并立的中央行政机构有：大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、国子监、钦天监、翰林院、太医院、理藩院、宗人府、詹事府、内务府。
军事方面：军队主要看中枢系统。中枢又分京营和驻防两部分，京营中侍卫皇帝的称为亲军，由侍卫处（领侍卫府）领侍卫内大臣和御前大臣分掌，而御前大臣持掌乾清门侍卫和皇帝出行随扈，权位尤重。其他守卫京师的有骁骑营、前锋营、护军营、步兵营、健锐营、火器营、神机营、虎枪营、善扑营等。骁骑营由虎卫军都统直辖；前锋营、护军营、步兵营各设统领管辖；健锐营、火器营、神机营由于都是特种兵，设掌印总统大臣或管理大臣管辖；虎枪营专任扈从、围猎等，设总统管辖；善扑营