临晨三时，第一潜艇部队，伊9号、伊15号、伊17号、伊25号四艘潜艇，偷偷进入考爱琴海峡，并靠近瓦湖岛西侧海岸。根据南云中一司令官的命令，4艘潜艇搭载两个中队的日军突击部队，在瓦湖岛西部偷偷上岸，然后向珍珠港方向前进。按照作战计划，日军突击部队要在第一批次空袭后，突击部队展开行动，迅速抢占福特岛飞机场，并对大部队登陆作战创造条件。
临晨三点三十分，两个中队的日军突击部队乘坐橡皮艇，快速向岸边前进。坦率说美国人在岸边根本没有警戒部队，高枕无忧的美国人甚至在岸边连岗哨也没有，其实美国人也没有必要在岸边设置岗哨。一个小时后，日军的突击部队消失在岸上，就好象什么也没有发生。
四艘潜艇释放出突击部队后迅速下潜，然后沿着海岸线向南、东南迂回。他们要接应第二潜艇部队7艘潜艇。登陆舰队在重巡洋舰、战列舰及驱除舰的掩护下，在瓦湖岛南部偷偷向珍珠港靠拢。
登陆舰队汇合提前来的第二、第三潜艇大队。然后第二潜艇大队7艘潜艇搭载一个大队日军的第二登陆突击队，在珍珠港东南方伺机待命。空袭开始后，迅速登陆并对甘希姆机场发动攻击。日军最担心是福特岛的惠勒机场和东部毗邻的甘希姆机场上的飞机的威胁。一旦这两座机场被占领，日军航母就会放心大胆的向珍珠港靠拢，并近距离支援登陆作战。
第一、第二潜艇和第三潜艇舰队，除了对珍珠港内可能出来的战舰实施拦截作战和封锁任务，但是组主要的任务是并配合大型运输舰登陆作战。同时保证登陆部队的安全。
特别攻击舰队下辖，5艘攻击潜艇，并各自携带5艘袖珍潜艇，袖珍潜艇的任务是偷袭开始后，趁着美军混乱潜入军港内，在水下对美军的舰艇发射鱼雷进行攻击。另外根据作战需要，伊10号潜艇负责侦查斐济、萨摩亚群岛，伊26号潜艇负责对阿留申群岛实施侦查和警戒。日本海军指定的偷袭攻占计划，每个细节几乎都想到了堪称完美。
第一航空战队由南云直接指挥，第二航空战队由山口多闻少将指挥，第三航空战队由原中一少将指挥。整个航母舰队作战飞机358架，其中零式战斗机78架，九七式鱼雷轰炸机145架，九九式俯冲轰炸机135架，其他的为侦察机.
临晨三时，南云最后接到东京大本营的攻击命令，同时他也接到了联合舰队司令官三本五十六的命令：“皇国兴废，系于此战，各官兵必要尽其责，鞠躬尽瘁！临晨四点他接到潜伏在珍珠港间谍的最后资讯，珍珠港内目前停泊着企业号航空母舰，列克星敦号航母，军港内停泊9艘战列舰，三艘巡洋舰，驱除舰25艘。船坞内停泊巡洋舰4艘、战列舰3艘，显然船坞内的战舰正在经行正常维修。另外港内没有设置鱼雷安全网和放空气球，夏威夷也没有任何紧急广播。
其实在4时左右出现了意外，一艘日军的袖珍侦查潜艇在檀香山港前暴露，美军的扫雷艇秃鹰号发现了一个潜望镜，随后驱除舰华德号发动攻击投下深水炸弹。接着华德号立刻向海军总部报告此事，可是并未引起重视。
瓦湖岛正北150公里，南运中一率领航母攻击舰队到达攻击位置。实际上在230公里，航母舰载机已经进入有效攻击位置。但是日军为了攻占夏威夷群岛，因此必须进入更加有效的攻击距离。当南云中一接到突击登陆分队已经上岛，支援登陆部队已经靠近瓦湖岛时，他命令舰队进入攻击准备。
凌晨5时，各航空母舰的甲板上发出巨大的轰鸣，第一批攻击飞机开始云集。第一批次攻击动用189架作战飞机，其中55架九七式鱼雷攻击机，作为水平轰炸机，携带1760磅重穿甲弹，重点对付美军的航母及大型战舰。九七式鱼雷攻击机指挥官是渊田美津雄，攻击分4个机队。
为了有效攻击，41架九七式鱼雷攻击机，装备九七式鱼雷，专门对付战舰。九七式鱼雷轰炸机为第一小组，他们的目标就是航空母舰和大型水面战舰。南云中一命令，对于船坞里面的大型战舰不许攻击，他的意图非常明显，那就是要完整的俘获这些战舰为己所用。
第二攻击小组为51架九九式俯冲轰炸机，并携带550磅航空炸弹，目标是各机场上的停驻的飞机，其主要目标是惠勒机场和甘希姆机场。该小组指挥官为村田重治，分为4个机队。
第三攻击小组为43架零式战斗机，目标主要是各机场起飞的作战飞机，夺取制空权。该小组指挥官为板古茂。
此时天已经大亮，太阳还没有升起。夏威夷群岛还处在一片安静之中。岛上只有少数人起