遮城两地的实力增长，他们一改与当地生藩和睦相处的面目，开始进行武力征服。依靠大肆杀戮武力威吓，迫使附近的生藩麻豆社同荷兰人签订契约，宣誓效忠，并交纳各种税金，征收他们部落中猎取的鹿皮等当地物产。
在1636年，范·德·勃尔格总督上任后，为了震慑岛屿西边大小部落生藩，出动舰船和雇佣军对小琉球群岛发动了大规模进攻，为了“杀鸡给猴看”，他们甚至在当地搞起了种族屠杀。1200名小琉球群岛居民，死于战火和屠杀的有400多人，另有一百多青壮年被荷兰人选拔出来，分批卖到东印度群岛做奴隶。部落的所有女人，则分配给士兵做“礼物”。整个小琉球岛几乎灭族。
此举之酷烈，甚至惊动了荷兰东印度公司总部。巴达维亚东印度公司十七人董事会经过投票发表声名，认定这种做法“不是很妥当”。
当然，所谓“不是很妥当”，也就是随便说说，“不妥当”的事，该做还是做。但是，荷兰人处事也并非一贯酷烈，对一些部落并不赶尽杀绝，而是和他们签订契约，建立统治。其中的目的之一，却是为了方便可以强征他们的人口，再去征服别的部落，既省力气，还能挑动各部落间的仇恨，可谓一举多得。十余年的陆续征服，热兰遮城附近的各主要高山族部落已大部纳入东印度公司的殖民势力当中。
相对生藩土著，荷兰人“翻脸”比较快，而对台湾岛上屯垦的明人，荷兰人“翻脸”的速度却比较慢，盖因明人不像生藩原住民那样好欺负，而且距离大明非常近。赤坎，热兰遮两城，也有专门供明人居住的华人区，经济关系一直密切。
按照荷兰驻福尔摩沙殖民者机构统计，正常年份，往返于两岸之间的船只，多达一千多艘，移居到此的明人移民，总数也超过万人。大量沿海明人的到来，对台湾岛的经济结构，带来了深远的影响。早在崇祯六年的时候，内地来台的垦荒汉人，就把甘蔗带到了台湾，这个后来成为台湾支柱产业的农作物。
更重要的影响就是牛耕的推广，截止到去年的时候，整个台湾岛的耕牛总数已经超过了八百多头，大部分都是垦荒百姓用船从内地运来。以水稻和蔗糖为主，辅以烟草，大麻，生姜，棉花等经济作物。耕地的总田亩数也快速上升，不完全统计，此时台湾的耕地总量，已经超过了二十六万多亩。
可以说，经过数年的发展，荷兰控制下的台湾南部地区，已基本可以实现粮食自给，并能为东印度公司提供大量的甘蔗、鹿皮、药材等原料，开始源源不断地为荷兰人提供殖民利益。
1639年开始，为了应对突发的汉荷战争，巴达维亚总督要求加大解送白银和甘蔗原料。于是，福尔摩沙殖民当局颁布了新的贸易法令，汉人买盐要交税，不得私自收购鹿皮，种植甘蔗也不许私自出售，只能以低价卖给荷兰当局，以便荷兰人制作白糖牟取暴利。
对于在东印度群岛，巴达维亚当局与汉洲之间爆发的战争，福尔摩沙总督范·德·勃尔格并不是很担心。汉洲，不过是曾经东印度公司的小跟班而已，也许，过不了多久，那些自不量力的汉洲人，就会向荷兰人屈服。
但是，最近，范·德·勃尔格总督却从这个岛屿的北部，收到了一些很不好的消息。福尔摩沙北部的西班牙人，似乎得到了菲律宾的增援，聚集了不少武装士兵和几艘战船。他们聚集武力，目的自然不会西向明国这个庞然大物。那么，显而易见是要针对他们荷兰人了。
范·德·勃尔格总督有些不明白这些傲慢的西班牙人，为何会生出要攻打福尔摩沙荷兰据点。记得，在去年的时候，双方还进行了俘虏交换，签订了休战协议。这还没过多久，怎么西班牙人又要挑起事端了吗？
为了应对西班牙人的威胁，范·德·勃尔格总督紧急派遣了一名信使，乘坐返回巴达维亚的商船，向公司汇报这里的情况。他认为，如果西班牙人真的要对他们下手，肯定会携带至少400-500的士兵，战船可能也会达到四五艘。对于荷兰人来说，是个严重的威胁。
除了派人回去报信以外，范·德·勃尔格总督还对据点周围的生番部落下达了征召令，要求他们在战时，必须派出五百以上的士兵前来赤坎城和热兰遮城服役。
福尔摩沙是东印度公司在明国附近最为重要的贸易据点和航线补给点，定然不能让西班牙人给夺了去。而且，这里经过十数年的发展，已经可以稳定地给公司创造十几万盾的利润，具有极大的经济价值。想必，巴达维亚总督以及公司委员会，面对西班牙人的武力威胁，一定会引起重视的。